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虽然世界上少数国家在政府一些部委设有首席科学顾问或首席科学家职位，如美国白宫设立总统科技顾问、英国在外交部设立首席科学家等，但其运作机制和规模与以色列的首席科学家制度完全不同。以色列在28个部（第32届内阁，33届内阁减少为22个）设立有13个首席科学家和“首席科学家办公室”，贯彻落实国家科技发展规划，协调指导与该部职责有关的科技活动。
13个部设有首席科学家和“首科办”
首席科学家和首席科学家办公室负责以色列的国家科技政策制定、科研经费分配、日常科技管理工作以及大学和国家实验室资源共享等工作。目前，以色列政府在科技部、工贸部、农业部、教育部、卫生部、环境部、通讯部、交通部、住房与基础设施部、能源与水资源部、公安部、国防部和犹太人大流散部等13个部任命了首席科学家，设立了“首科办”。
首席科学家论坛
由科技部长担任主席的首席科学家论坛是主要的科技决策、协调、规划工作平台，既有效克服了各部门各行其是、防止科技项目上重复投入或遗漏，又有力促进各部门科技规划、立项、评审。科技部长同时担任政府的部际科技委员会主席，协调政府宏观科技政策。
各部委首席科学家联席会议每1到2个月举行，由科技部首席科学家主持并协调。此外，以色列科技部长每年还要例行召集各部委领导召开1到2次“以色列科技委员会”会议，研究重大科技政策议题。
影响巨大的工贸部首席科学家和“首科办”
以人们最为熟悉的以色列工贸部（刚更名为经济部）首席科学家和首席科学家办公室为例，看看其具体运行情况：
经济部首席科学家办公室(OCS，简称首科办)共有30个固定编制，另有110名行业技术专家和评估专家团队提供技术咨询和项目评估支撑服务。首席科学家属于聘任制，由部长提名、任命，一般任期为3到5年。首席科学家对部长和总司长负责，在制定科技政策、规划和日常管理工作中拥有很大的自主权。工贸部“首科办”设3位副首席科学家职位，分别协助首席科学家从事科研规划、项目管理和监督、知识产权、科研合同和经费管理等事务。首席科学家办公室不设专门处室，但每项业务按类别分成小组，均有专人负责，分工明确。110人的行业专家和评估专家团队分为5个技术领域小组，分别为信息化与软件、电子与通讯(技术与设备)、生命科学(医药和医疗器械)、能源和环境、传统技术和其他。同时，以色列科技部首席科学家办公室在科研项目评审时也共享上述专家团队资源。
2012年，工贸部首席科学家办公室的产业研发经费预算为4亿美元，按人口比例计算，以色列国民每年人均分摊5万美元的民用产业研发经费，此比例为世界之最(据推算，我国2011年全社会对于产业研发的人均投入经费最多为85美元，此数据包括应用研究和试验发展)。“首科办”每年支持约600多家企业开展1000个左右的产业项目研发，经费资助额为全部科研经费的20%到50%，大项目的资助比例相对较低，但对地处北部戈兰高地、南部内盖夫沙漠以及加沙边境地区的企业，其研发项目的资助比例可达70%。每个项目资助额的范围从10万美元到150万美元不等，平均每个项目的资助额为40万美元。
政府产业研发经费资助属于“借款”性质，企业必须从其开发的新技术和新产品获利或专利转让费中逐年归还借款。例如，在项目完成后的头三年，企业每年需返还3%的销售收入，如果研发项目失败，企业无需返还科研“借款”，政府与企业共同承担风险和科研经费损失。
此外，以色列工贸部首席科学家办公室还负责管理、协调产业研发领域的国际科技合作。目前，以色列政府与其他国家签订了30多份双边产业研发合作协议，对这些协议的管理和执行由“首科办”和工贸部产业研发中心负责。其中，中国科技部以及江苏省、山东省、上海市、深圳市政府与以色列都签订有类似协议。以色列还积极参与欧盟框架计划、尤里卡计划、伽利略计划等国际合作。例如，以色列是唯一的全方位参与欧盟框架计划的非欧盟国家，为第七框架计划提供了2000万欧元的科研资金，而以色列从框架计划中获得的经费大约为其“捐款”的120%，工贸部“首科办”是以色列参与欧盟框架计划的牵头单位。（科技日报特拉维夫5月20日电）